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格列卫(甲磺酸伊马替尼)耐药的GIST治疗策略由局部病灶的耐药特性所决定（表2）。如果大多数肿瘤细胞能够被格列卫(甲磺酸伊马替尼)所控制而仅有一部分耐药（亦即小的活性病灶），那么应该继续格列卫(甲磺酸伊马替尼)治疗；也可以考虑手术切除进展性病灶以及其它容易切除的病灶。如果是部分耐药，也可以考虑增加药物剂量。
如果出现全身进展，多处病灶出现耐药，格列卫(甲磺酸伊马替尼)的剂量可以增加至患者的最大耐受剂量。最后，如果对格列卫(甲磺酸伊马替尼)耐药的疾病出现广泛播散，可以尝试使用二线KIT/PDGFR α抑制剂（舒尼替尼）或其它的试验性二线药物或三线药物进行治疗。对于罹患进展性疾病的患者而言，使用CT或PET对治疗反应进行仔细评估极为重要，由此才能适时调整治疗方案
表2. 耐药与进展的治疗3,13
部分耐药而且病情进展有限
·如果大多数肿瘤能够控制，则继续格列卫(甲磺酸伊马替尼)治疗
·将药物剂量增至患者能够耐受的最大剂量
·考虑应用试验性药物
·如果可能的话，手术切除进展病灶
·突变检测有助于指导治疗
多处病灶耐药而且全身进展
·将药物剂量增至患者能够耐受的最大剂量以控制肿瘤，
·二线KIT/PDGFR α抑制剂
·研究性二线药物或三线药物
·利用CT或PET重新评估
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