乳腺癌治疗主要以手术化疗、放疗、内分泌治疗和靶向治疗五大治疗手段为主。由于激素受体检测为阴性(ER、PR)，所以临床上的内分泌治疗对三阴乳腺癌无效，而HER-2表达为阴性。以曲妥珠单抗(赫赛汀)治疗为代表的靶向治疗也不适合应用，故该类型病人化疗是一较成熟的治疗手段，临床上所使用的蒽环类、紫杉类药物都是可以选择的方案，还有铂类药物可以引起DNA的双键断裂，对此类型肿瘤更为敏感。
乳腺癌的生物学行为与其分子生物学指标关系密切，其中最主要的是雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)及人表皮生长因子受体2(HER2)的状态。这三个指标的不同状态不仅可以预测患者的临床生物学行为，还可指导相应治疗方案的制定。如ER、PR阳性，意味着患者可能会自内分泌治疗收益;而HER2阳性则意味着患者可能对曲妥珠单抗治疗有效。
根据这三个指标状态的不同组合，则出现了ER和/或PR阳性、HER2阴性，ER和/或PR阴性、HER2阳性，三者均阴性(即所谓三阴乳腺癌)等不同分组。如果再加入其他分子生物学指标如表皮生长因子受体(EGFR)、增殖指数等，则会有更多不同的组合。
由此可以看出，分子分型和组织学分型是两个不同的分类方法，因此二者之间不能直接画等号。
三阴乳腺癌各指标的的预后及预测意义
大规模临床随机试验证实，ER的预后判断价值较小，但它对内分泌治疗(如他莫昔芬)的预测作用强。他莫昔芬与ERα结合，抑制雌激素对肿瘤细胞生长的刺激作用，可显著减少癌症复发，延长所有分期的ERα阳性浸润性乳腺癌患者的生存期。 PR表达水平与内分泌治疗反应直接相关，且即使PR阳性肿瘤细胞数量很少(≥1%)也可能对内分泌治疗有显著反应。
在缺乏全身性辅助治疗时，HER2阳性乳腺癌患者的预后差，复发率和死亡率都很高，具有显著的不良预后意义。治疗方面，HER2阳性对蒽环类抗生素和紫杉烷类为基础的治疗有预测意义。自从针对HER2的单克隆抗体曲妥珠单抗获批用于部分乳腺癌的治疗以来，HER2检测更具有了重要的指导治疗意义。
三阴性乳腺癌转移部位：肺40%;肝20%;脑30%;骨10%。而非三阴性乳腺癌转移部位：肺20%;脑10%;肝30%;骨40%.
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